La compañía se constituye como respuesta al informe del CONPES sobre la situación de la EPS del Instituto de Seguros Sociales (ISS). El primero de agosto de 2008 NUEVA EPS inició operaciones con los afiliados del ISS que fueron trasladados a la compañía. Luego de cinco años de trabajo en la prestación de los beneficios del Plan Obligatorio de Salud (POS) ha adquirido nuevos usuarios convirtiéndose en una de las más grandes EPS del país y la primera en cobertura al tener presencia en más 1090 municipios.